本會前身乃九龍城浸信會於1949年5月9日在蘇屋邨附近開設的浸信會佈道所，於1955年10月16日正式成立教會，命名為「寶安道浸信會」。1963年購得廣利道4號進行建堂。新堂於1966年落成，並改名為「深水埗浸信會」。

本會一直宣講及持守聖經真道，實踐使命，培育基督門徒，崇敬上主，並藉開設幼稚園及堂會其他關愛和栽培行動，服侍本區居民家庭，結出纍纍的福音果子。於1993年及2000年分別在荃灣和何文田區植堂。前者於2000年獨立，名為「深荃浸信會」；後者在開基時亦開設幼稚園服侍坊眾。此外，本會探訪國內教會多年，盡力參與國內教會建設。

為配合教會之發展及社區之需要，本會現正在執事會暨重建委員會的帶領下，進行原址重建計劃，預算於2013年完成。